印刷したカードにシミのようなものが発生しているのですがどうすればいいですか？

印刷前のカードの表面に手を触れてしまっている可能性があります

皮脂や指紋が付着したカードを印刷するとその部分が変色しますので印刷前のカードの表面に触れないでください。片面プリンターで裏面を印刷する場合にカードを裏返しますがこのときカード表面には触れないようカード端を持って裏返してください。
皮脂だけでなく、異物が付着していると変色する事がありますので液体などが付着しないよう印刷前のカードは注意して取扱い、保管してください。